舞台は総人口230万人弱、東京西部の大部分を占める巨大な都市。その都市は、人口の約8割が学生ということから、「学園都市」と呼ばれていた。 　学園都市の生徒たちは、超能力を発現させるための特殊なカリキュラムに組み込まれ、発現した能力によって、「無能力者（レベル0）」から「超能力者（レベル5）」までの6段階で査定されていた。 　主人公“上条当麻”（かみじょうとうま）は、学園都市の高校生だが、その評価は落第寸前のレベル0。なぜなら彼の右手には、異能の力ならなんでも打ち消す「幻想殺し（イマジンブレイカー）と呼ばれる能力が宿っていたからだ。そして彼はその能力のせいで常に不幸な人生を送っていた。 　しかし、そんな日常に突如変化が訪れる。夏休みに入ったばかりの日、彼の部屋に、純白の修道服を着たシスターがいきなり空から降ってきたのだ！　呆然とする“当麻”に向かって、“禁書目録（インデックス）”と名乗る少女――どう考えても偽名にしか思えない少女――は、「自分は10万3000冊の魔道書を記憶しており、そのせいで魔術師に狙われている」などとオカルト発言を連発。いぶかしむ“当麻”だったが、その日の夕方、彼の前にその“魔術師”が姿を現す。 　突然の展開に戸惑う“当麻”に、その魔術師は「魔女狩りの王（イノケンティウス）」を作り出して攻撃を繰り出してくる！　やむなく“当麻”は、“インデックス”を守るべく異能を打ち消す力を持つ右手を握り、立ち向かうが……。

総人口230万人、東京都西部のほとんどを占める巨大な都市。その人口の約八割が学生ということから、｢学園都市｣と呼ばれるその都市では、超能力の開発が行われていた。特殊な授業(カリキュラム)を受け、能力を得た学生たちは、定期的な身体検査(システムスキャン)によって、｢無能力(レベル0)｣から｢超能力(レベル5)｣の6段階に評価されている。その頂点に立ち、最強と謳われるのが、七人の｢超能力者(レベル5)｣である。そのひとり、御坂美琴。『電撃使い(エレクトロマスター)』最上位の能力者にして『超電磁砲(レールガン)』の異名を持つ彼女は、名門お嬢さま学校・常盤台中学に通う14歳の女子中学生。後輩で｢風紀委員(ジャッジメント)｣の白井黒子たちと、学園都市的日常生活を送っていた―。この物語は、平和で平凡で、ちょっぴり変わった能力者の少女たちの日常を描くものである。

東京西部に位置する巨大な『学園都市』。総人口230万人を数え、その約８割を学生が占めるこの都市では、超能力開発のための特殊なカリキュラムが実施され、学生たちの能力は『無能力レベル０』から『超能力レベル５』までの六段階で評価されていた。そんな学園都市で、能力者たちの頂点に君臨する最強の能力者・アクセラレータ。 ７人しかいない『超能力者』の中でも、飛び抜けた能力を誇る第一位は、その力ゆえに殺伐とした日常を送っていた。繰り返される常軌を逸した『実験』と、絶対的な力を求めた末に経験した敗北。その先に待っていた、とある少女――ラストオーダーとの出会いによって、運命が大きく変わることになる。最強にして最凶の『悪』 ――アクセラレータが、学園都市の『闇』をなぎ払う!!