Nel 1944, un misterioso rituale magico chiamato "Ragnarok", condotto da uno stregone e da un gruppo di nazisti, da alla luce un bambino dalle sembianze demoniache. La vita di questa piccola creatura non umana viene salvata dal Dottor Broom, il quale diverrà suo mentore e grande amico e, una volta cresciuto, lo recluterà al Broom's Bureau, un istituto di ricerca per la difesa del paranormale. Qui Hellboy imparerà a conoscere i suoi poteri che lo porteranno a diventare un grande detective.

Alla morte del padre, il piccolo Joey si ritrova al centro di fenomeni inspiegabili. Il ragazzino riesce a comunicare col padre grazie ad un telefono giocattolo e sposta gli oggetti con la sola forza del pensiero. Ma è il ritrovamento di un vecchio pupazzo da ventriloquo che scatenerà la forza terrificante del male e Joey si ritroverà, solo, a difendere dall'orrore una intera cittadina...

Poco prima che nella Città Accademia venga completato l’ascensore spaziale “Endimione”, Touma fa la conoscenza di una ragazza di Livello 0 (senza poteri speciali) di nome Arisa. Contemporaneamente però una squadra di maghi si infiltra nella città, contrastata da un team interno della Città. La giovane Arisa però potrebbe essere la chiave per scongiurare una possibile guerra tra il mondo della magia e quello della scienza.

Bonus animation featuring Index-tan included with the BD special edition of the Toaru Majutsu no Index: Endymion no Kiseki movie.

Documentary exploring such phenomena as astral projection, telekinesis, telepathy, voices from beyond the grave, ghosts/spirits, etc.