Ghost in the Shell: Stand Alone Complex, os acontecimentos são depois de 2029, marcado pelo surgimento de uma nova tecnologia que permite a fusão do cérebro à computação através da rede mundial.Com isso, a barreira entre o mundo físico e digital está se desfazendo, criando novos níveis de existência, mesmo que essa tecnologia não se restringe somente ao cérebro, mas sim ao corpo todo com próteses especiais que aumentam o rendimento do corpo. A protagonista é Kusanagi Motoko, apelidada de Major pela própria equipe por causa do excelente senso de tática que ela possuí. Ela comanda uma equipe especial, sob comando de Aramaki Daisuke, chefe da Secção 9, uma agência secreta.

An explosion take place in a street of Tokyo. Many people were killed or seriously injured. One casualty is Chihiro, the wife of Public Security chief inspector Kuraki Naotake.

While trying to find why his wife was being implicated in the explosion case, Kuraki comes into contact with Public Security sergeant Akeboshi Miki and Metropolitan Police Department inspector Osugi Ryota who are also investigating this case.

Inami and Tamaru work at the Public Security Mobile Investigation Unit Special Investigation Team, a team made up of specialists with different expertise. Inami tackles criminals with showy maneuvers, while Tamaru corners criminals with cool calculation. Together, the team tackles terrorists, new religious cults, military spies, secret narcotics organisations and complicit politicians.