暴君ガルバトリックス支配下のアラゲイシア帝国。辺境に暮らす少年エラゴンは、ある日森の中で青く光る石を拾う。だがそれはドラゴンの卵で、やがて青い雌ドラゴン・サフィラが誕生する。エラゴンは語り部ブロムからドラゴンとドラゴンライダーがこの国の平和を守っていたという歴史を聞く。一方、ドラゴンの誕生を知った王は刺客である魔物を放つ。魔物に叔父を殺されたエラゴンは、最後のドラゴンライダーとなる使命を負う。