ツツジ台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶喪失になっていた。そして裕太は古いパソコンに映る『ハイパーエージェント・グリッドマン』と出会う。グリッドマンは使命を果たせと語りかけ、裕太はその言葉の意味と記憶を探し始める。突然の事に戸惑いつつも、クラスメイトの内海将や宝多六花、新条アカネたちに助けられながら毎日を送る裕太だった。が、その平穏な日々は、突然現れた怪獣によって容易く踏みつぶされた。

フジヨキ台高校一年生の麻中蓬はある日の帰り道、『怪獣使い』を名乗る謎の男ガウマと出会う。突如現れる怪獣と巨大ロボット ダイナゼノン。その場に居合わせた南夢芽・山中暦・飛鳥川ちせと共に怪獣との戦いに巻き込まれていく。