幕末の日本に最強の人斬りとして人々を震撼させた凄腕の剣客がいた。人呼んで「人斬り抜刀斎」。彼は、新時代「明治」の幕開けとともに歴史の表舞台から忽然と姿を消し、その名は伝説と化していった。それから１０年、人を斬ることを自らに堅く禁じた抜刀斎は、その刀を決して人を斬ることのできない「逆刃刀」に持ち変え、流浪人・緋村剣心と名乗り、弱い立場の者を救い本当の意味での維新を成し遂げるため、東京の下町に現れる。ひょんな事から女剣士・神谷　薫と出会った剣心は、薫が師範代を務める神谷道場に居候することになる。その後、次第に剣心の人柄や生き様に共感する仲間たちが、彼の周りに集まり始める。少年剣士の明神弥彦、熱血ケンカ屋相楽左之助などもたびたび道場に出入りし始め、剣心と一緒に様々な事件の解決に奔走することになる。無用な争いを好まぬ剣心ではあったが、剣心の最強伝説に挑み、最強の名を自らの手中におさめるべく剣心に戦いを挑む男たちが、剣心たちを付け狙う。果たして剣心は「殺さず」の誓いを破ることなく、仲間を守りながら生き抜いて行けるのだろうか…。