2001年，由於母星的毀滅，在「廢月」上為了幫助後代尋找新居所，並將目標放在侵略地球的巴爾坦星人（Alien Baltan）與前來追擊的超人高斯（Ultraman Cosmos）在宇宙中戰鬥，並意外降臨地球，而高斯在因戰鬥時能源消耗過大而墜落至日本，而及時被年幼的「春野武藏」救助。 跨越種族的兩人從此便定下了「勇者的誓言」。而高斯和武藏，也即將面對著即將入侵地球的巴爾坦星人帶來的巨大威脅...

終於達成少年時代的夢想而成為宇宙飛行員的武藏，在參加好朋友務的婚禮時，於塞班島遇上異星人夏烏和吉恩。夏烏和吉恩的故鄉，因為遭受宇宙怪獸山多洛斯的攻擊而被毀滅，他們來到地球的海底世界Blue Area，希望能夠研究出讓故鄉自然再生的方法。然而，山多洛斯卻與此同時派出侵略武器史寇比斯前來地球襲擊，即使連K2護盾都抵擋不住了！威脅一步一步地逼近，大家都期盼消失已久的超人高斯再次出現……

一天，宇宙開發中心的上空發現了來歷不明的宇宙飛船，一名神秘女子出現，中心繼而受到兩只怪獸的襲擊。 超人高斯及時出現，但怪獸極之頑強，高斯幾乎不敵，幸得春野武藏之助，二人融為一體後始威力大增，而正當怪獸快被擊退之際，另一個超人迪斯忽然出現，她竟然出手阻止高斯保護地球，最後竟令高斯及武藏死於怪獸之手。 太空船的目的到底是什麽？ 　　原來，神秘女子來地球竟是為了維持宇宙的秩序，而要把地球上所有生物全部消滅！ 為了自救，地球各國各盡辦法，但似乎，高斯的死已是提前判了死刑。 地球即將毀於一旦，大家了無辦法，除非奇跡出現... 然而，武藏的親人和隊友都堅信高斯和武藏未死，他們四出奔走，希望奇跡真的出現！

《藍色星球》和《藍色星球13歲少年版》的內容上基本一樣，後者是武藏小時候預見了未來的自己。當時春野武藏的扮演者杉浦太陽因涉嫌傷害恐嚇而被拘捕，由於這事有損形象，圓谷只好拍了一個刪除掉成年武藏形象的版本，TV版也一度受到過影響。後來因為證據不足，杉浦太陽被釋放後，那些被刪剪掉的東西才得以重見天日。