Nikita wird unschuldig wegen eines Mordes verurteilt. Sie wird von der geheimen militärischen Organisation Section One rekrutiert. In Sektion Eins wird Nikita für spezielle Missionen zur Terrorbekämpfung als eiskalte Killerin ausgebildet. Zu ihrem Mentor, dem geheimnisvollen Michael, entwickelt sie eine ganz besondere Beziehung. Zusammen sind sie ein einzigartiges Team. Nikita passt sich mit der Zeit an ihre rauhe Umgebung an, in der Emotion als Schwäche gilt, und wird zur Top-Agentin. Verzweifelt sucht sie trotz ihres Jobs nach einem bisschen Privatleben. Walter und Birkoff werden so etwas wie eine Ersatzfamilie, Operations und Madeline zu Kontrahenten.