由少女．新条茜所创造的世界一度是「怪兽」肆虐之地，经过「Gridman同盟」的一番努力，成功开解少女封闭的内心，世界才恢复和平，不致毁灭。 危机结束一年后，响裕太决定向六花告白，谁知怪兽突然来袭，再次打破他们的日常。而Gridman亦再度回归，告知裕太「世界的平衡正在崩坍」。随着真红之强龙Dyna Rex、Gridman的支援者「新世纪中学生」，甚至异世界的居民陆续出现。谜样的敌人藏于暗处，「世界崩塌」的真相未明，Gridman同盟应如何应战？裕太珍藏已久的感情又能否成功传达？

在都立杜鹃台高中放学后的教室里，响裕太反复在笔记本上画着又擦去那个应该存在于他记忆中的GRIDMAN。这个世界曾经被一名少女创造并破坏，最后是来自异次元的电光超人GRIDMAN，和那名少女制造出来拥有心的怪兽，以及裕太一行人，拯救了那名少女的心。

升上高中二年级后，裕太决定向分发到不同班级的六花（宫本侑芽 配音）告白。然而，和平的世界与日常生活却随着轰隆巨响开始崩坏。就在裕太等人面临危机之时，GRIDMAN突然现身，并说道“这个世界的平衡即将瓦解。”。

不久，深红的强龙DYNAREX、GRIDMAN的助手‧新世纪中学生，以及来自另一个世界的麻中蓬等人出现在裕太面前。

就读不如归台高中一年级的麻中蓬，某日放学后偶然与自称『怪兽操控者』的谜样男子失马邂逅。此时，一只巨大怪兽突然现身城镇之中，失马随即变身为巨大机器人「DYNAZENON」迎战，麻中蓬与在场的同学们南梦芽、山中历、飞鸟川千濑等人因而被卷入这场激烈战斗之中，众人之后与失马一同组成「失马队」迎战接二连三来袭的怪兽……

22 years ago… A boy, Takeshi Todo, who attempted to take over the world with the devil of the Computer World together. He reformed himself after the battle and now needs the power of the Hyper Agent. Again, the evil is going to appear in the real world. A materialized monster is now approaching! Enter the battle code! The access code is… “GRIDMAN.”