C.E (Cosmic Era) 70년. 중립자원위성 헬리오폴리스에서 평화로운 나날을 보내던 키라. 하지만 그곳에서는 지구군 비밀 병기인 ‘G’ 가 만들어지고 있었다. 이것을 눈치챈 자프트군이 ‘G’를 노리고 공격해오고, 키라는 공장으로 피신한다. 그리고 그곳에서 우연히 Z.A.F.T(자프트)군의 파일럿이 된 옛 친구, 아스란을 만나면서 새로운 갈등이 전개된다.

가공의 시대인 코즈믹 이라(Cosmic Era, C.E) 70년대에 일어난 내츄럴(자연 인류)을 대표하는 지구연합군(O.M.N.I.Enforcer)과 코디네이터(유전자 조작을 통한 신인류)를 대표하는 자유조약 황도동맹(Zodiac Alliance of Freedom Treaty, Z.A.F.T)간의 전쟁을 배경으로 소년, 소녀들이 전쟁에 휘말려 들어가는 모습을 그리고 있다.

우주 이민과 우주 전쟁의 역사가 된 우주 세기가 종식되고 시간은 흘러   인류는 평화와 조화의 시대, 리길드 센츄리(R.C.)를 맞이하게 된다.      R.C. 1014년.   지구와 우주를 잊는 궤도 엘리베이터, 캐피털 타워는 지구상의 에너지원인   포톤 배터리를 우주보다 더 많이 가지고 있어 신성시 되는 곳이다.      벨리 제남은 이 캐피털 타워를 수호하는 캐피털 가드 후보생으로서   첫 실습을 위해 우주로 향한다.   그러나 실습 도중, 수수께끼의 고성능 모빌 슈트, G-셀프의 습격을 받게 되는데.

성공에 별로 관심없던 만화가 척연이 새로운 소재를 얻어 슬럼프를 극복하기 위해 능동적으로 차가운 교수 기언신에게 접근하고 결국 운명적인 사랑까지 얻는 이야기