A série se passa na "Cosmic Era" (Era Cósmica) e inicia a saga nesta era do universo Gundam. Tudo começa com a guerra de Bloody Valentine entre a Terra e as colônias. De um lado estava a Aliança Terrestre e do outro ZAFT representando, respectivamente, Terra e PLANT (colônias). Nesta era, a humanidade está dividida entre Naturais, humanos sem qualquer manipulação genética e os Coordinators, humanos alterados geneticamente para alcançar patamares mais altos de desempenho. O ódio entre alguns representantes de ambas as nações é enorme e, assim, uma nova guerra acontece.

No ano de 2014 da Era Regild, após a Era Universal, um jovem membro da guarda da capital chamado Bellri Zenam, encarregado de defender o elevador orbital, encontra e captura um Mobile Suit de alta tecnologia, o G-Self e seu piloto, Aida Surugan. Bellri é capaz de controlar o Mobile Suit e, posteriormente, é envolvido em uma trama capaz de definir os rumos da Era Regild.

A fim de obter os materiais criativos e romper o gargalo da criação, a cartunista serena Qi Nian toma a iniciativa de abordar o Ji Yanxin, professor universitário frio e distante. Eles finalmente colhem o amor destinado.