SEED，全寫為Superior Evolutionary Element Destined-factor，即「高度進化要素遺傳因子」。

C.E.70年2月，由於「血腥情人節」的慘劇，地球方面與P.L.A.N.T.之間的紛爭一口氣升級為正式的武裝衝突。開戰十一個月後，主人翁基拉·大和（Kira Yamato）所在的中立國‧奧布所屬資源衛星殖民地「海利歐波里斯（Heliopolis）」突遭兒時好友阿斯蘭·薩拉（Athrun Zala）所屬的Z.A.F.T.襲擊，他們的重逢成為故事的開端。

P.L.A.N.T.在血腥情人節後發動獨立戰爭，其軍事組織Z.A.F.T.的戰略為散布大量「中子干擾器」至地底下，使地球上多數地區無法使用核能，引發世界性的能源危機。再以新型兵器逐步攻下在赤道附近的質量投射器，以期將地球聯合軍封鎖在地球圈內，再也無法威脅P.L.A.N.T.；由於貌似神話中自食其尾的大蛇，故命名為「Operation Ouroboros」作戰。大戰爆發初期，誰也未曾懷疑過地球軍將以壓倒性的兵力和資源迅速結束戰爭。然而戰爭膠著了近一年，戰況卻是對聯合軍愈發不利，其主要原因之一就是地球軍對Z.A.F.T.的新型兵器‧機動戰士（MS）一籌莫展。

為了挽救戰局，地球聯合中最強大的成員國‧大西洋聯邦早已開發代號「G兵器」的MS，並秘密地委託奧布的國營軍需企業「曙光社」在海利歐波里斯協助建造。Z.A.F.T.的克魯澤隊掌握了此情報，派遣特殊部隊襲擊海利歐波里斯，強奪了正進行出廠作業的「G兵器」五機中之四機。意外被捲入這場戰鬥的工業大學高材生基拉·大和竟遭遇已成為Z.A.F.T.精英的兒時好友阿斯蘭·薩拉。在一片混亂的街道上，基拉意外地乘上了碩果僅存的GAT-X105 Strike。注視著座艙顯示器上的G兵器系統的全寫名稱，基拉不自覺地脫口而出：「GUN…DAM…！」。

宇宙移民與宇宙戰爭的歷史—宇宙世紀（U.C.,Universal Century）終結後，時光飛逝，人們迎來新的歷史復興世紀（R.C.,Regild Century），並開始繁榮與和平的生活。

RC1014年，聳立大地、連接地球和宇宙的軌道天梯「中樞塔」，從宇宙中為人類帶來作為地球能量之源的光子電池（Photon Battery），故被視為聖地。其守護組織「中樞衛隊」候補生貝爾利・傑納姆在初次飛行的時候遭到所屬不明的MS「G-Self」攻擊。貝爾利使用作業用MS「雷克汀」與其交戰並成功捕獲。然而「G-Self」的駕駛者，名為艾妲·雷哈頓的宇宙海賊少女卻對貝爾利產生某種感覺，不滿足特定條件便不會啟動的「G-Self」亦對貝爾利產生某種反應。宇宙海賊和艾妲的目的、被「G-Self」選中的貝爾利的命運、令RC全體動搖的真相――這一切只不過是Reconguista的開始。

A young cartoonist intentionally gets near Ji Yan Xin, a cold and arrogant professor. Qi Nian, a girl with a straightforward personality hopes that interacting with Ji Yan Xin would give her inspiration and creative materials for her comic plot. Coincidentally Ji Yan Xin’s younger brother Ji Si Qi becomes Qi Nian’s assistant and a catalyst for their relationship to progress and blossom.