Cet anime adapte des histoires du manga que le précédent anime n'avait pas encore adaptées.

Ère cosmique 073, un groupe de Coordinateurs, fidèles aux idées de Patrick Zala, tentent de détruire la Terre en faisant chuter les débris de Junius-7. Grâce au Minerva, le pire est évité, mais les débris restants provoquent de violent tsunamis. Selene McGriff, coordinatrice et chercheur sur Terre, est prise dans l'un d'eux, mais parvient à survivre. Elle tente alors de rejoindre la base de la DSSD (Deep Space Survey and Developpement) avec son ami Edmond Duclos. Mais Phantom Pain et ses Naturels Extentded veillent.