在兩個各自藏有祕密的學生之間，愛情與友情逐漸萌芽。本季以前一季動畫中未收錄的原作漫畫人氣場景為主軸。

本作是發生在與機動戰士高達 SEED DESTINY相同時間(C.E.73年)，但不同地點、視點的故事。三集內容主要講述自引發大戰的尤尼烏斯7號墜落事件起，到柏林之戰前夕以及洛多·捷布利路潛逃月球時發生的三段事件；從側面戰場描寫這場大戰，讓觀眾認識TV版SEED DESTINY看不到的殘酷的另一面。