Vor zwölf Jahren starben mehrere im Irak stationierte Amerikaner auf mysteriöse Weise. Griffin Callenreese tötete in einem Amoklauf mehrere seiner Kameraden und murmelte bis zu seinem Zusammenbruch nur noch die Worte Banana Fish. Sein jüngerer Bruder Aslan wiederum hat sich in der Gegenwart auf den Straßen von New York als Ash Lynx, Anführer einer Straßengang, einen Namen gemacht. Nach einer unbarmherzigen Kindheit ist der schöne und charismatische Heranwachsende nun ebenso clever wie tödlich. Zur Macht verhalf ihm auch seine Verbindung zum Mafiaboss Dino Golzine, der Ash Lynx einst entführte und zur Prostitution zwang. Als eines Tages ein unbekannter Mann Ash eine Patronenhülle mit einer darin enthaltenen Droge in die Hand drückt und kurze Zeit später verstirbt, rücken die mysteriösen Selbstmorde, die sich zuletzt gehäuft haben und das Geheimnis um seinen Bruder mehr und mehr in den Fokus.

Man mag es der friedlichen Stadt Fukuoka gar nicht ansehen, dass dort im Verborgenen die Kriminalität ungehindert immer weiter ansteigt, doch insbesondere der Stadtteil Hakata gilt als Heimat vieler mafioser Organisationen und Profi-Killer. Zudem erzählt man sich schon seit geraumer Zeit die Legende vom Niwaka Samurai, dem „Mörder der Auftragsmörder“.

Der Assassine Xianming Lin arbeitet für eine dieser Untergrundorganisationen, die Kakyuu-Gruppe, um genug Geld zusammenzubekommen, damit er seine Schwester aus den Fängen besagter Organisation freikaufen kann. Doch alles kommt anders, als er auf den Detektiv Zenji Banba trifft, der gerade dabei ist, die Zusammenarbeit des korrupten Bürgermeisters mit der Kakyuu-Gruppe aufzudecken und Lin ausgerechnet mit ihm eine Zwangsgemeinschaft eingehen muss, um nicht selbst zum Opfer zu werden.

Rokujou Miharu verfügt über die Fähigkeit des »Hijutsu«, eine verborgene Technik, die in seinem Inneren lebt. Dieses Hijutsu ist die Kraft der Schöpfung. Viele Ninjaclans wollen diese Technik lernen, weil derjenige, der sie besitzt, der Herrscher der Ninjawelt ist. Rokujous Klassenkamerad Kouichi Aizawa hat zusammen mit seinem Englischlehrer Thobari Kumohira einen Club namens »Nindou« gegründet. Beide sind in Wirklichkeit Ninja und versuchen erfolglos Rokujou zu überreden, dem Club beizutreten. Doch nachdem er von einer Gruppe Ninja angegriffen wird, entscheidet er sich um und tritt dem Club doch bei. Um zu überleben, muss er der Herrscher von Nabari werden. Ob er das wirklich schafft?