La naturaleza hizo a Ash Lynx un hombre hermoso al que convirtieron en un asesino despiadado y frío. Era un niño fugitivo criado como el heredero adoptado, el ejecutor y juguete sexual de “Papa” Dino Golzine, el señor del crimen de la Costa Este. Sin embargo, cuando Ash cumple los diecisiete años, decide huir de este reino de poder y riquezas para unirse a una banda de matones callejeros. En ese momento conocerá a Eiji Okamura, un joven e inocente fotógrafo llegado desde Japón que caerá en la espiral de orgullo, lujuria, ira y orgullo provocada por el nombre en clave “Banana Fish”.

“Si hubiera una persona a la que quisieras matar fuera como fuera, ¿cómo la matarías?”.A primera vista Fukuoka parece una ciudad normal, pero en realidad el crimen campa a sus anchas por sus calles. El lugar se ha convertido en un campo de batalla entre sicarios, asesinos profesionales a sueldo, y el 3% de su población se dedican a ello. Detectives, asesinos sin escrúpulos, ejecutores de venganzas, especialistas en tortura… La variedad es tal, que incluso existe un rumor que dice que hay un sicario especializado en asesinar sicarios.Una conspiración en la cual está implicada el alcalde acabará afectando a un detective de la zona, un caso de asesinato de un policía y a un joven sicario que parece haber escogido el trabajo equivocado.

Rokujou Miharu es un estudiante de instituto que vive en su propio mundo. Sin embargo, dentro de el, estaba al acecho el ultimo poder de Nabari, la "Omnipotencia". Para poseer tal arma suprema, el clan Iga jura llevar a Miharu a su pueblo. Por otro lado, el profesor de ingles de Miharu, Kumohira sensei, y el compañero de clase, Kouichi, pertenecen a los Banten ninjas cuya mision es proteger a Miharu. Una guerra sobre la propiedad de la "Omnipotencia" ha comenzado. Para sobrevivir, Miharu debe entrar en el mundo oculto de Nabari, y convertirse en rey.