La natura ha reso bello Ash Lynx; nutrimento lo rendeva un assassino freddo e spietato. Un fuggiasco cresciuto come erede adottivo e sex toy di "Papa" Dino Golzine, Ash, ora ribelle all'età di diciassette anni, abbandona il regno tenuto dal diavolo che lo ha cresciuto. Ma l'orribile segreto che ha fatto impazzire il fratello maggiore di Ash in Vietnam è improvvisamente caduto nelle mani insaziabilmente ambiziose di papà - ed è proprio il momento sbagliato per Eiji Okamura, un giovane fotografo giapponese dal cuore puro, per fare la conoscenza di Ash Lynx ...

Miharu Rokujo è uno studente delle medie nel cui corpo è racchiusa la misteriosa “Arte Segreta”, la Shinrabansho, la somma di tutte le tecniche create dai ninja nel corso della storia. L’anime è ambientato ai giorni nostri, in un’epoca in cui i ninja si sono ritirati in un mondo segreto conosciuto come “Mondo di Nabari”, mantenendo una seconda identità nella nostra realtà. Uno dei villaggi più potenti di Nabari è quello di Iga, guidato dal clan Kairoshu, che mira al potere assoluto dello Shinrabansho, con cui dominare l’intero Universo. I suoi appartenenti puntano a rapire Miharu per estirparne l’Arte Segreta, ma il ragazzo è protetto, a costo della loro vità, da alcuni ninja del villaggio di Banten..

Sebbene la città di Fukuoka possa sembrare relativamente tranquilla a prima vista, in realtà ospita una fiorente miscela di individui pericolosi come assassini, detective e cercatori di vendetta professionisti proprio sotto la sua superficie. Tra di loro c'è Zenji Banba, un detective rilassato e attento che sta indagando sul lavoro di altre compagnie di sicari della zona. Tuttavia, Banba potrebbe non essere l'unico ad avere un problema con queste organizzazioni, poiché Xianming Lin, un sicario maschio travestito alle dipendenze di una di queste società, inizia a stancarsi della sua mancanza di lavoro e di paga.