1973 год, Вьетнам - американский солдат сходит с ума и расстреливает своих товарищей. С тех пор единственные слова, которые он произносит, - "Банановая рыба"... В наши дни в Нью-Йорке полиция расследует серию загадочных самоубийств, и умирающий человек дает харизматичному лидеру молодой банды по имени Эш Линкс пузырек с таинственным веществом.

На первый взгляд, Фукуока кажется совершенно обычным и безобидным городом, однако по ночам там процветает преступность. В городском пригороде Хаката живут профессионалы преступного мира: убийцы, осведомители, насильники и многие другие. Также по его улочкам бродит слух об «убийце убийц», который никогда не оставляет следы на месте преступления.

Тихий, апатичный, но мило выглядящий и часто этим пользующийся, 14-летний Рокуджо Михару (Miharu Rokujo) – носитель хиджуцу «Шинрабаншо», могущественной силы ниндзя, которую многие кланы жаждут заполучить. Тот, кто овладеет «Шинрабаншо», станет правителем мира ниндзя Набари.

Одноклассник Михару, Айзава Коичи, и их школьный учитель английского языка, Кумохира Тобари Дюрандал, принадлежат к клану ниндзя Бантен и просят Михару позволить им защищать его, ведь «Шинрабаншо» просыпается, и скоро Михару будет в опасности. Хотя Михару это и не интересует, но он вынужден согласиться на их предложение, на него происходят одно нападение ниндзя за другим. И вскоре к их группе присоединяется очаровательная блондинка-самурай Шимизу Раймэй.

Так с каждым днем все сильнее и сильнее Михару погружается в мир ниндзя Набари.