Fabuła w "Mobile Suit Gundam: The Origin" pokazuje wydarzenia przed rokiem 0079 U.C., zaczynając od roku 0068 U.C., przestawiając dokładnie przeszłość Chara Aznable i wydarzenia, które doprowadziły do wybuchu Wojny Jednorocznej pomiędzy Ziemską Federacją a Księstwem Zeonu. Historia w tym tytule bezpośrednio nawiązuje do wydarzeń z anime "Mobile Suit Gundam" z 1979 roku.

Gundam Unicorn przenosi nas do U.C.0096. Mimo upływu niemal stulecia od ogłoszenia nowej ery w historii rodzaju ludzkiego, niestety niemal nic się nie zmieniło. Orbita okołoziemska opanowana jest przez ciągłe walki, natomiast w przestrzeni budowane są nowe kolonie. Na pokładzie jednej z ciągle rozbudowywanych kolonii, Industrial 7, młody uczeń technikum imieniem Banagher prowadzony przeczuciem ratuje życie pięknej Audrey. W nieoczekiwanym splocie wydarzeń oboje dostają się w sam środek walk pomiędzy dwoma konkurującymi ze sobą frakcjami. Chcąc uratować Audrey, bohater odnajduje swojego ojca w kokpicie maszyny, która ma zmienić los ludzkości. Umierając, Cardeas przekazuje swojemu synowi MS UNICORN oraz ogromne nadzieje związane z tą maszyną oraz swoim jedynym potomkiem.