本片將以兩兄妹在一年戰爭發生前的故事「夏亞・雪拉篇」為主軸，描述宇宙世紀0068年一個位於SIDE 3的慕佐自治共和國，該國的議長吉翁・什姆・戴肯正在發表《完全獨立宣言》的時候突然倒下暴斃。對於這場意外之死，戴肯的親信金巴‧拉爾雖然公開譴責「一切都是扎比家的陰謀啦！」。但是，一心想掌握共和國實權的德金・索多・扎比不僅沒放在眼裡，反而暗中率領扎比家策劃更大的陰謀。因父亡故而變成孤兒的卡斯巴爾與阿爾黛西亞，在動盪大時代的洪流之中，即將面臨一場接一場的人生巨變……

在第二次新吉翁戰爭——別名「逆襲的夏亞」——終結後，地球圈取得短暫的和平。這之後3年，宇宙世紀0096年，在工業殖民地「工業7號」上進行一項秘密交涉。和地球聯邦政府有秘密協議並依此發展的「畢斯特財團」，打算將過去用以威脅聯邦的最高機密「拉普拉斯之盒」交給新吉翁的殘黨軍「帶袖的」。

另一方面，就讀亞納海姆工業專門學校的少年巴納吉·林克斯遇見自稱奧黛莉·伯恩的少女。奧黛莉為了制止新的戰爭爆發，必須阻止拉普拉斯之盒的交易。巴納吉在數次幫助奧黛莉之後，逐漸被她所吸引。隨後，地球聯邦察覺這起交易，並進行軍事介入，工業殖民地隨即化為一片火海。巴納吉和同伴一邊避難、一邊尋找奧黛莉，而出現在他面前的是畢斯特財團當家卡帝亞斯·畢斯特。奄奄一息的卡帝亞斯將身世的秘密告訴巴納吉，並且將盒之鑰匙「RX-0 獨角獸鋼彈」託付給他。一場圍繞拉普拉斯之盒的戰爭就此展開。