Der Anime spielt in einer parallelen Variante unserer Gegenwart, in der die Technisierung des Alltags weiter fortgeschritten ist. Es gibt niemanden, der kein persönliches Computerterminal (kurz PET genannt) besäße. Diese handlichen Computer sind alle miteinander über das Internet verbunden und auf jedem dieser PETs läuft daher ein sogenanntes NetNavi, eine künstliche Intelligenz, die der Abwehr von Viren und anderen schädlichen Programmen dient. Kämpfe zwischen verschiedenen NetNavis erfreuen sich hoher Beliebtheit bei den Benutzern. Hikari Nettos NetNavi ist Rockman - die KI ist nebenbei noch sein bester Freund. Sie wollen es an die Spitze der Net-Kämpfer schaffen und müssen außerdem noch zahlreiche andere Abenteuer im Netz bestehen...
Wir schreiben das Jahr 220x. Die Technologie hat sich seit dem Internet schnell weiterentwickelt. Dies ermöglichte die Erfindung neuer und effizienterer Verkehrsmittel, sowie den Bau von futuristischen Städten, die alle durch drei Satelliten, Pegasus, Leo und Dragon, welche die Erde umkreisen, miteinander verbunden sind. Diese sind mit einem Netz von EM-Wellen aufgebaut, welche sich in der Atmosphäre rund um die Erde befinden. Der Mensch besitzt tragbare Geräte, genannt Transers, welche als Schnittstelle zur EM Wave Welt dienen.
Hier lebt Subaru Hoshikawa, ein Schüler der fünften Klasse, welcher seinen Vater bei einem Unfall verlor. Subaru trifft auf ein außerirdisches Radiowellenwesen namens War-Rock, welcher von einem entfernten FM Planeten kommt. War-Rock scheint etwas über Subarus Vater zu wissen, jedoch wird er von anderen außerirdischen Wesen verfolgt.
Aki Light may seem like a regular, robot schoolboy, but when the villainous Sgt. Night and his team of Robot Masters emerge with ill-intentions, Aki transforms into Mega Man and dedicates himself to protecting Silicon City.
Dr. Light und Dr. Wily sind zwei geniale Wissenschaftler und arbeiten gemeinsam an neuer Robotertechnik. Eines Tages entwickeln sie einen sehr fortschrittlichen Prototyp. Doch kurz nach dessen Aktivierung beginnt dieser willkürlich das Labor zu zerstören. Dr. Light nimmt an, dass das Führungssystem des Prototyps, das Dr. Wily persönlich programmiert hat, Ursache des Problems ist und schlägt vor nochmal ganz von Vorne anzufangen. Dr. Wily sieht dies aber als Beleidiung seiner Genialität an und versucht in der darauffolgenden Nacht die Baupläne zu stehlen, wird aber von Dr. Light erwischt. Dennoch schafft es Dr. Wily ihn zu überwältigen und zusammen mit dem Prototyp zu entkommen. In seinem neuen Unterschlupf modifiziert er diesen dann zu Proto Man.
Japan is in grave danger! Megaman must prevent Dr. Wily from destroying Japan as we know it. But how?
With a little knowledge of Japanese culture and geography, Megaman and his pals will try to stay one step ahead of the mad scientist. But will they be able to defeat Dr. Wily in time to save children's day? Or to avert the worst typhoon in history? Or to keep Mt. Fuji from erupting again?