עלילת "בורוטו" מתחילה בקפיצת זמן של בערך כ-20 שנה לאחר תום אירועי הסדרה המקורית. נארוטו, שהגשים את חלומו להיות ההוקאגה, הוא אב לשני ילדים; בורוטו והימאווארי. נארוטו, בתור יתום, שלא זכה לדמות אב, לא ממש יודע איך לתפקד כאבא ומעדיף במקום זאת להשקיע את עצמו בעבודת ניהול הכפר כתוצאה מכך, בורוטו לא אוהב את זה שאביו הוא ההוקאגה. בניגוד לדור של נארוטו שגדל בקשיים ותקופות מלחמה שאילצו אותם להתחזק, דורו של בורוטו גדל בתנאים טובים ובתקופה של שלום ושגשוג מה שמנע מהם את הדחף לנסות להתחזק ולהבין את ערכו של השינובי, מה שגורם להבדלים ברצונות ובפערי הכוחות בין הדור הישן לדור החדש.
החלום של יויה סיקאקי הוא ללכת בעקבותיו של אבא שלו ולהפוך ל-"בדרן הקרבות" הגדול בהסטוריה – והוא כמעט מצליח לעשות את זה כשפתאום הוא מגלה זימון במטוטלת, טכניקה שלא נראתה מעולם המאפשרת לו לזמן מפלצות רבות בבת אחת! כשאין ספור יריבים משתפים פעולה כדי לגנוב לו את אור הזרקורים, יויה צריך לשכלל את יכולות המשחק שלו כי הלחימה התפתחה לעולם של אקשן חסר מעצורים. בקרבות החדשים ומלאי האקשן, מפלצות ממש מתעוררות לחיים עם הקדמה בטכנולוגיה הולוגרפית! לוחמים כבר לא עומדים מנגד ומאפשרים למפלצות להילחם עבורם על המגרש – עכשיו הם רוכבבים על המפלצות במירוץ במציאות באזורים שונים כדי להביס את היריבים שלהם באמצעות קלפי האקשן שלהם! מטירה אקזוטית ועד ג’ונגלים סבוכים, כדאי שיויה וחבריו יהיו מוכנים לכל מצב משום שאין לדעת היכן יתרחש הקרב הבא!
בנקודה מסויימת בהיסטוריה, האנושות החלה לפתח לעצמה כוחות על-טבעיים, כאשר 80% מהאוכלוסיה רכשו את אותן היכולות. תופעה זו הובילה לעלייתם של גיבורי על ונבלים הנאבקים זה בזה, ובכדי לשמר את הסדר הציבורי, נפתחו מוסדות שונים להכשרת הגיבורים לעתיד. איזוקו מידוריה שואף להפוך לגיבור ולהתקבל לתיכון היוקרתי לגיבורים "יו.איי", אך לצערו הוא משתייך ל-20% מהאוכלוסיה ללא התכונות האינדיבידואליות. יחד עם זאת, אין בכוונתו לוותר על חלומו, ומצבו מקבל תפנית כאשר הוא פוגש בגיבור העל "אול-מייט" אשר מסכים להכשירו.