평화와 함께 근대화가 진행된 나뭇잎 마을.

높은 빌딩이 늘어서고 거대 모니터에는 영상이 흐르며 구획과 구획을 잇는 전차가 마을을 달린다.

닌자들의 마을이라고는 하지만 보통의 사람들이 늘어나 닌자들의 삶의 방식도 변하는 시대

마을의 리더, 7대 호카게 우즈마키 나루토의 아들인 보루토는

닌자를 육성하는 학교 “닌자 학교 (아카데미)”에 입학한다.

주변의 학생들은 보루토를 “호카게의 아들”이라며 편견을 가진 눈으로 보지만,

보루토는 전대미문의 천성으로 그런 것 따위 신경쓰지 않는다!

보루토는 새로운 동료들과 만나고 발발하는 미지의 사건들에 어떻게 도전할 것 인가?

모두의 마음 속을 질풍과 같이 뛰게 하는

“우즈마키 보루토”의 이야기가 지금 시작된다!!

이야기 무대는 해안에 있는 마이아미

듀얼 기술만이 특출나게 진보해 있다.

그 이유는 아카바 레이지가 사장을 맡은 레오 코퍼레이션의 존재.

레오사가 개발한 '질량을 가진 솔리드 비전'의 보급으로 인해

마이아미 시에서는 액션 듀얼이 생겨나 세계적으로 인기를 얻고 있다.

아이들은 스타적인 존재인 프로 듀얼리스트를 동경하여,

주인공 유우야 일행이 다니는 유우쇼 학원이나

최대 규모의 LDS이라 불리는

크고 작은 학원에 다니며 소환법이나 듀얼 스타일 등을

배우고 있다.

그러던 어느 날, 유우야는 프로 듀얼계의 현역 챔피언과

시범 경기에서 싸우게 되는데...!

가공의 세계가 현실로! 이것은 내가 최고의 히어로가 되기까지의 이야기다. 시작은 중국의 경경 시에서 빛을 내뿜는 아기가 태어났다는 뉴스였다. 이후에 각지에서 초현실적 현상이 발견되고 원인도 밝혀지지 않은 채 세월이 흐른다. 세계 총인구의 80%가 어떤 형태로든 특이체질인 초인사회가 된 현재. 선천적으로 타고난 특별한 힘인 ‘개성’을 악용하는 범죄자 ‘빌런’이 갈수록 늘어난다. 이에 마찬가지로 ‘개성’을 가진 자들이 ‘히어로’로서 빌런과 재해에 맞서며 사람들을 구하는 사회를 확립한다. 일찍이 누구나 상상하며 동경하는 ‘히어로’가 현실이 된 세계에서 미도리야 이즈쿠도 히어로가 되는 것을 꿈꾼다. 유명한 히어로를 다수 배출한 유에이 고교에 입학을 목표로 삼고 있지만 아무런 특이체질도 아닌 ‘무개성’의 낙오자로 절망에 빠진다. 그러던 어느 날, 자신이 가장 동경하는 최고의 히어로 올마이트를 우연히 만난 것을 계기로 운명을 크게 바꾸게 된다. 친구, 스승, 라이벌, 빌런... 가지각색의 인물, 수많은 시련과 마주하면서 미도리야 이즈쿠는 최고의 히어로가 되기 위해 성장해 간다. 신세대의 열띤 히어로 스토리가 지금 시작된다!