10 ปีหลังสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งล่าสุด เอมิยะ ชิโร่ ได้ใช้ชีวิตอย่างสงบสุขในเมืองฟุยูกิ โดยมีรุ่นน้องของเขา มาโต้ ซากุระ คอยอยู่ข้างกายทุกๆ วัน จนกระทั่งสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งใหม่ได้เริ่มต้นขึ้น เขาได้ถูกดึงเข้าสู่สงครามโดยการเรียก Servant Saber และตัดสินใจยืนหยัดต่อสู้ในสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ที่ชี้ชะตาเหล่าจอมเวทย์เพื่อความปรารถนาของพวกเขา
Shirou Emiya finds himself an unwilling participant in a deadly competition where seven Mages summon heroic spirits as servants to duel each other to the death. They compete for the chance to make a wish from the Holy Grail, which has the power to grant any wish. Shirou is unskilled as a mage and knows nothing of the Holy Grail War, but he and his servant, Saber, enter into a temporary partnership with another Mage, Rin Tohsaka. However, problems arise between Shirou and Rin's servant, Archer, who seems to seriously despise him.
As Sakura drowns in the murky darkness of the sins she has committed, Shirou's vow to protect her at all costs leads him into a raging battle to put an end to the Holy Grail War. Will Shirou's wish reach Sakura even as he challenges fate itself in a desperate battle against the rising tide?
"ฝ่ายตรงข้ามที่ฉันต้องต่อสู้ ยังคงอยู่ในเมืองนี้" เด็กหนุ่มตัดสินใจที่จะต่อสู้ต่อไป เพื่อปกป้องเด็กสาวสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ที่เหล่าจอมเวท (มาสเตอร์) และจิตวิญญาณแห่งวีรชน (เซอร์วานท์) เข้าต่อสู้เพื่อนำไปสู่การครอบครอง จอกศักดิ์สิทธิ์สงครามครั้งใหม่ได้เริ่มขึ้นอีกครั้ง ณ เมืองฟุยุกิ เมื่อ 10 ปีให้หลังจากสงครามครั้งที่แล้วแต่แล้ว การมาของมาโต้ โซเค็น ผู้เป็นหนึ่งในสามตระกูลที่สร้างสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ ทำให้สิ่งต่างๆเริ่มบิดเบี้ยวและเลวร้ายยิ่งขึ้น เมื่อโซเค็นอัญเชิญเซอร์วานท์ แอสซาซินที่แท้จริงออกมา เงามืดที่ไม่มีใครรู้จักครอบคลุมเมือง สังหารเหล่ามาสเตอร์ และเซอร์วานท์ทีละคน เอมิยะ ชิโร่ ผู้ซึ่งได้ต่อสู้ในฐานะมาสเตอร์ในสงครามครั้งนี้ได้รับบาดเจ็บและสูญเสียเซอร์วานท์ เซเบอร์ไป ด้วยการตัดสินใจที่จะปกป้องมาโต้ ซากุระ เขาจึงปฏิเสธที่จะออกจากสนามรบในขณะที่ซากุระกังวลเกี่ยวกับชิโร่นั้น เธอเองก็ต้องเองพัวพันกับชะตากรรมของตนในฐานะจอมเวท "ฉันสัญญาฉันจะ ... "เขาตัดสินใจว่าจะไม่ทรยศต่อเธอ อย่างไรก็ตามความปรารถนาอันแรงกล้าของพวกเขากำลังถูกบดบังด้วยเงามืด
The year 2015 CE. The last era in which magecraft still thrived. The Chaldea Security Organization was founded to focus on preserving the continuation of human history. They observe a world which magecraft couldn't observe and science couldn't measure all to prevent the certain extinction of humanity. But one day, the future that Chaldea continued to observe disappears and humanity's extinction in 2017 becomes clear. Rather, it had already happened. The cause seems to be related to Fuyuki, a provincial town in Japan, in the year 2004 CE. There, an "unobservable region" that had not existed before appears. Based on the assumption that Fuyuki is the reason for humanity's extinction, Chaldea issues an order to explore, investigate, and possibly destroy this singularity – a quest for the Holy Grail, the Grand Order.