「假如我變成壞人的話，學長就不會原諒我了吧？」少年想要守護少女，僅此而已的故事。 魔術師〈MASTER〉和英靈〈SERVANT〉，圍繞著能夠實現所有願望的許願機「聖杯」而戰鬥——在「聖杯戰爭」發生的10年後，冬木市又一次掀起了戰爭。 前代「聖杯戰爭」的參加者衛宮切嗣的養子・衛宮士郎繼承了遺志，終於下定決心參戰。 士郎的身邊，陪伴著仰慕他的少女——間桐櫻。她每天早晨晚上都來到衛宮家，為他打掃房間和製作料理，孑然一身的她和士郎度過了平穩而又溫情的日常。 但是隨著戰爭的開始，冬木市街道上到處發生著殺人事件，險惡的空氣開始流動。所以士郎決定讓櫻留宿在自己家裡。 士郎召喚出從者・Saber的同時，和身為正統魔術師的遠阪凜結盟面對「聖杯戰爭」。但是，這場戰爭由於某些人的暗中策劃而發出不和諧音，開始變得扭曲了。

本片改編自TYPE-MOON出品的文字冒險類游戲《Fate/stay night》，是該遊戲最終路線“HF線”動畫劇場版全三部作品中的第二章。通過女主角間桐櫻的視角，講述了禦主和英靈為了得到可以實現一切願望的聖杯而相互廝殺的一場戰爭。 時隔1​​0年在冬木市爆發的這場“聖杯戰爭”中，因被稱為“聖杯戰爭”御三家之一的間桐家的當家·間桐臟硯的參戰而變得更畸形、扭曲和惡化。作為御主參戰的衛宮士郎也在戰鬥中負傷還失去了英靈Saber，儘管如此士郎為了守護間桐櫻，並沒有從戰鬥中引身退出。而擔心士郎身體的櫻，自己也無法逃離魔法師的宿命……

故事主要講述了日本冬木市的高中生和業餘魔術師衛宮士郎意外捲入了第五次聖杯戰爭，一場由七名被稱為「master」（御主）的魔術師召喚出傳說中的英雄「servant」（從者）並簽訂契約，為爭奪萬能的許願機「聖杯」而互相廝殺的戰爭。

「我決定要成為櫻的正義夥伴」少年已經無法將視線從真相上移開。為了拯救少女。為了貫徹自己所選擇的正義。魔術師（御主）與英靈（從者），圍繞著能夠實現一切願望的許願機「聖杯」的戰鬥──「聖杯戰爭」。其戰爭已經開始產生歪曲。一名少女──間桐櫻隨著所犯下的罪，沉溺在黑暗中。為了結束「聖杯戰爭」，發誓守護櫻的少年．衛宮士郎和遠坂凛共同合作，投入到殘酷的戰鬥中。伊莉雅絲菲爾．馮．愛因茲貝倫作為知曉鬥爭的真實的人，決定面對其命運。而間桐臓硯將利用櫻，實現自身長久以來的悲願。「所以──咬緊牙關吧，櫻」。挑戰命運的少年，其願望，究竟是否能傳遞給少女。迎接終局的「聖杯戰爭」──。最後的戰鬥，終於揭開序幕。

西元 2015 年，那是魔術尚存的最後一個時代，為了確保人類的時代能永遠存活下去，而秘密設立研究機關人理繼續保障機關「迦勒底亞」。某天，「迦勒底亞」觀測不到應該持續下去的未來，這讓他們判定人類將在 2017 年滅絕。原因出在於西元 2004 年的日本 冬木市，那裡發生了至今沒出現過的「無法觀測領域」，「迦勒底亞」推測那就是造成了人類滅絕的原因，於是進行對特異點的調查、其名為「聖杯搜查」Grand Order。