舞台は海と山に囲まれた都市・冬木市。そこで行われる、ある一つの儀式。手にした者の願いを叶えるという聖杯を実現させる為、聖杯に選ばれた七人の魔術師に、聖杯が選んだ七騎の使い魔を与える。　　騎士“セイバー”　　槍兵“ランサー”　　弓兵“アーチャー”　　騎兵“ライダー”　　魔術師 “キャスター”　　暗殺者 “アサシン”　　狂戦士 “バーサーカー”　　マスターは七つの役割を被った使い魔一人と契約し、七組は、聖杯を求め、最後の一組となるまで殺し合いを繰り広げる。その名は「聖杯戦争」。2014年 秋、開戦 ――。

日本の地方都市・冬木市では、七組の魔術師（マスター）と使い魔（サーヴァント）による「聖杯戦争」が繰り返されている。1990年代の初秋、四度目の聖杯戦争が始まる。主人公・衛宮切嗣は、名家アインツベルンの委嘱を受け、セイバーのサーヴァントを召喚し聖杯戦争に身を投じる。彼の目的は聖杯による世界平和の実現であった。 英国からは二人の魔術師ケイネス・アーチボルトとウェイバー・ベルベットがランサーとライダーを、冬木からは遠坂時臣とその弟子・言峰綺礼がアーチャーとアサシンを、間桐雁夜がバーサーカーを、それぞれ召喚して参戦する。最後のサーヴァントであるキャスターは一般人・雨生龍之介によって召喚される。