En aquesta ocasió, els G.I Joes no només hauran de lluitar contra el seu enemic mortal, Cobra, sinó que a més es veuran obligats a bregar amb les amenaces de dins del govern que posen en perill la seva pròpia existència.Dirigida per Jon M. Chu, i produïda per Lorenzo di Bonaventura i Brian Goldner, amb un guió de Rhett Reese i Paul Wernick. Basada en els personatges de G.I. Joe® de Hasbro.
G. I. Joe és el nom en clau d'una força especial altament entrenada la missió fonamental de la qual és defensar la llibertat humana i la pau mundial. Els valerosos Joes són homes i dones de coratge, amos duna barreja dinàmica de talents especials, personalitat i ingenuïtat. Dotats d'algunes de les armes més sofisticades que es puguin concebre, aquests individus constitueixen la força més formidable de combat del món.
Dos submarins nuclears, un de soviètic i un de nord- americà, desapareixen misteriosament. L'agent soviètic, Anya Amasova i uns microfils que contenen els plans dels sistemes electrònics de defensa dels submarins nuclears. Malgrat que dos dels seus contactes moren en mans d'un gegant anomenat Jaws, Anya i James aconsegueixen els microfilms i des d'ara treballen amb coordinació. Sospiten de Karl Stromberg, propietari d'una companyia de navegació, que viu en un laboratori submergit en alta mar. A bord d'un caça-submarins arriben fins a un petroler gegantesc que pertany a Stormberg. Quan s'hi acosten, aquest obre unes portes i se'ls empassa. L'interior del vaixell és en realitat una base de submarins nuclears.
The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.