Terrororganisationen Cobra infiltrerer Det Hvide Hus og indsætter skurken Zartan i præsidentens sted, hvilket medfører totalt kaos! Kun kaptajn Duke's hold af elitesoldater kan redde verden fra terroristernes grusomme planer, men efter et bagholdsangreb har enheden store problemer, og i et sidste håb om at vinde kampen mod Cobra, opsøger de den mand, de ved kan gøre en forskel: general Joe Colton.

G.I. Joe er navnet på en elitestyrke, der udstyret med det nyeste og mest topmoderne indenfor overvågning og militærudstyr. Det har de også hårdt brug for, hvis de skal få ram på den korrupte våbenhandler Destro og ikke mindst den mystiske Cobra-organisation, som viser sig at være en større trussel, end nogen troede muligt.

Den hemmelige britiske agent James Bond må i aktion, da den gale rigmand Carl Stromberg vil lægge verden øde og skabe sit eget samfund under havets overflade. Da både en russisk og britisk atomubåd forsvinder, alliere Bond sig med den underskønne russiske KGB-agent Anya Amasova. Samtidig med at de tager kampen op imod Stromberg og hans håndlangere, ikke mindst den tårnhøje og dødsensfarlige Jaws med stålgebisset, forelsker de sig i hinanden. De finder ud af, at Stromberg holder til på en base under havets overflade, hvor han forbereder verdens undergang. Han de nå at sætte ham ud af spillet, inden det er for sent?

Driftige forretningsfolk har udbudt stjålne russiske atomsprænghoveder i megatons-klassen til salg, og alverdens terrorister flokkes som købere. CIA og den russiske efterretningstjeneste har forsøgt at stoppe handlen. Resultat: døde agenter i massevis. I desperation slipper amerikanerne deres hemmelige våben løs: Rod Armstrong. Gennem Moskvas mafiabefængte underverden og endeløse korridorer under russiske raketsiloer kæmper Armstrong sig vej mod det ultimative opgør mod verdensfredens fjender. Den kolde krig er afløst af.