Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.
Es soll lediglich eine Eskorte gefährlicher Sprengköpfe sein, die alles zerstörende Nano-Roboter beinhalten, doch für Captain Hauser und seinen Armeekollegen Weems kommt die Terrororganisation Cobra in die Quere, die nach der Weltherrschaft greift. Die brandgefährliche Baroness versucht im Auftrag des gemeingefährlichen "Doctor", die Sprengköpfe als Druckmittel in die Finger zu bekommen, als eine Spezialeinheit namens "G.I.Joe" unter der Führung von General Clayton "Hawk" Abernathy in letzter Minute eingreift. Einmal in Kontakt mit der Gruppe sehen Hauser und Weems in der mit neuester Kampftechnik ausgestatteten Gruppe eine ganz große Chance und bemühen sich um Beitritt zur Eliteeinheit...
Ein russisches und ein amerikanisches U-Boot mit Atomraketen an Bord verschwinden spurlos von der Bildfläche. Amerikaner und Russen beschuldigen sich gegenseitig. James Bond soll das Rätsel der verschwundenen U-Boote lösen. Aber auch der KGB hat schon einen Agenten losgeschickt.
The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.