Η ομάδα G.I. Joe (Global Integrated Joint Operating Entity) παγιδεύεται και κατηγορείται για εγκλήματα κατά του κράτους. Ο πρόεδρος αναγκάζεται να τους διακόψει τη λειτουργία. Όσοι παραμένουν ελεύθεροι αντιμετωπίζουν τον Ζάρταν και τους συνεργούς του, στους οποίος συμπεριλαμβάνονται και ηγέτες κρατών.

Μια εκλεκτή στρατιωτική ομάδα αποτελούμενη από ειδικούς χειριστές γνωστή και ως G.I. Joe (Global Integrated Joint Operating Entity) που ενεργεί κάτω από ειδικές περιστάσεις, αναλαμβάνει δράση για να εξουδετερώσει μια σατανική οργάνωση, η οποία καθοδηγείται από έναν διαβόητο έμπορο όπλων.

Ένα Βρετανικό και ένα Σοβιετικό υποβρύχιο, αμφότερα εξοπλισμένα με πυρηνικές κεφαλές, εξαφανίζονται ως διά μαγείας. Οι μυστικές υπηρεσίες των δύο χωρών ανακαλύπτουν ότι κάποιος διαθέτει συσκευή ικανή να εντοπίζει τη ρότα των υποβρυχίων και στέλνουν στο Κάιρο τον Τζέιμς Μποντ και την πράκτορα ΧΧΧ, με σκοπό να βρουν την άκρη του νήματος.

The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.