En esta ocasión, los G.I Joes no solo tendrán que luchar contra su enemigo mortal, Cobra, sino que además se verán obligados a lidiar con las amenazas de dentro del gobierno que ponen en peligro su propia existencia.

G. I. Joe es el nombre en clave de una fuerza especial altamente entrenada cuya misión fundamental es defender la libertad humana y la paz mundial. Los valerosos Joes son hombres y mujeres de coraje, dueños de una mezcla dinámica de talentos especiales, personalidad e ingenuidad. Dotados de algunas de las armas más sofisticadas que puedan concebirse, estos individuos constituyen la fuerza más formidable de combate del mundo.

La misteriosa desaparición de dos submarinos nucleares exige la colaboración de los mejores agentes de los servicios secretos británico y soviético: James Bond y la mayor Amasova. Detrás de todo se encuentra el magnate Stromberg, que se propone destruir a la humanidad para fundar una nueva civilización bajo el mar.

The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.