Les États-Unis sont gouvernés par Zartan sous les traits du président. Celui-ci organise un piège qui a pour but de mêler les Joe à un complot qui a abouti à l'assassinat du chef d'État pakistanais et la plogée du pays dans le chaos avec son arsenal nucléaire. Prenant cette attaque pour prétexte, Zartan donne l'ordre de tuer l'unité d'élite Joe. Duke trouve la mort dans cette attaque en tentant de protéger son ami Flint qui survit avec Marvin et Jay, deux autres membres de l'équipe et également amis de Duke. Lors d'un reportage, Zartan annonce avoir lui-même ordonné la mort des Joes et que le tueur du président Pakistanais n'est autre que Snake Eyes...
Là où tous échouent… eux réussissent! Ils se nomment les G.I. Joe, une force de frappe d’élite ultrasecrète formée des meilleurs agents des quatres coins de la planète. A la suite du vol d’une arme de pointe secrète par Cobra, une mystérieuse organisation diabolique, les G.I. Joe s’engagent dans une course contre la montre pour empêcher Cobra d’utiliser l’arme et de plonger le monde dans le chaos.
Les gouvernements soviétique et américain sont sur les dents : on leur a dérobé des sous-marins nucléaires. L'agent 007 et Anya, charmante espionne soviétique, tentent de déjouer les noirs desseins du méchant Stromberg...
The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.