Elitna postrojba G.I. Joe u ovom se nastavku bori protiv svojih starih neprijatelja, organizacije Cobra, ali se moraju suočiti i s prijetnjama iz vlade koje bi mogle ugroziti samo njihovo postojanje...

Radnja filma smještena je u blisku budućnost, a elitna jedinica G.I. Joe koristi najnoviju špijunsku i vojnu tehnologiju kako bi zaustavili krijumčara oružjem Destroa i rastuću prijetnju misteriozne organizacije Cobra koja svijet namjerava pretvoriti u kaos. Dvojica prijatelja, Duke i Ripcord (Tatum i Wayans) novopridošlice u G.I. Joe jedinici prvo će morati izaći na kraj s najnovijom tehnologijom s kakvom se do sada nisu susreli, a nakon toga pokušat će zaustaviti duplo jačeg neprijatelja...

Ruske i britanske podmornice s nuklearnim raketama obje netragom nestaju. Engleska i Rusija međusobno se krive dok James Bond pokušava riješiti zagonetku brodova koji nestaju. Ali KGB također ima agenta na slučaju.

The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.