A több mint 300 millió dollár bevételt hozó első rész után a folytatásban a G.I. Joe-k nem csak halálos ellenségükkel, a Kobrával küzdenek, hanem szembe kell szállniuk egy a kormány berkein belülről jövő fenyegetéssel, amely a létüket veszélyezteti. Még több akció, még több izgalom, még látványosabb megoldások a tavasz egyik nagy moziszenzációjában!
A G.I. Joe szuperkommandót a terroristák elleni harcra hozták létre. A nemzetközi összetételű csapat vezetője az amerikai Duke, aki nem éppen a szavak embere. Barátjával, a mesterlövész Kioldóval csatlakozott a Hawk tábornok vezette különleges egységhez. A csapat tagja még Kígyószem, a némasági fogadalmat tett nindzsa harcos, Scarlett, a vagány és okos kémelhárító csaj, Brékó, a kommunikációs szakember, valamint a fegyverszakértő Kőkemény. Első feladatuk elfogni Destrót, a galád fegyverkereskedőt, és megakadályozni, hogy a Kobra nevű titkos szervezet káoszba taszítsa a világot.
Amerikai és szovjet atom-tengeralattjárók sorra tűnnek el a nemzetközi vizeken. Az események hátterében az ördögien gonosz milliárdos, Mr. Stromberg áll, akinek végső célja, hogy a tengeralattjárókon lévő nukleáris robbanófejeket felhasználva - egy hatalmas, a tenger mélye alatt fekvő katonai bázisról - kirobbantsa a harmadik világháborút. A britek James Bondot, a szovjetek Anja Amaszova titkos ügynököt bízzák meg azzal, hogy megoldja a helyzetet. A két kém egymással szövetkezve lát neki a feladatnak és eleinte sikeresen is veszik az akadályokat, sőt idővel úgy tűnik, többről is szó lehet köztük a közönséges munkakapcsolatnál. De aztán kiderül, hogy Anja korábbi szerelmét James Bond ölte meg egyik korábbi megbízatása során.
Rod Armstrong kiképzőtiszt Moszkvába várja öreg barátját, Bobot és annak feleségét, Susanne-t. Az együtt töltött idő során Armstrong rájön, hogy Susanne és Bob számára ez az út nem csupán kikapcsolódás. Úgy tűnik a boldog pár közben az amerikai hírszerzésnek is dolgozik, s hogy illegális fegyverkereskedők után nyomoznak, akik lopott nukleáris fegyvereket próbálnak eladni a terroristáknak. Ám, ahogy Bob felfedi a titkos megbízásuk célját Armstrong előtt, meggyilkolják. Így Armstrongnak és Susanne-nak kell megakadályozni a nukleáris katasztrófával fenyegető fegyvereladást, amelyben nem csupán a terroristák, az amerikai hírszerzés, hanem a KGB és bizonyos orosz vezetői körök is érintettek.