Het G.I. Joe team moet het opnemen tegen Zartan, Storm Shadow en Firefly. Zartan, die als laatste gezien is vermomd als president van de Verenigde Staten, heeft nu alle wereldleiders in zijn broekzak met als gevolg een naderende wereldoorlog waar onschuldigen het slachtoffer van gaan worden. Tevens beschikt hij over een aantal nieuwe handlangers die het G.I. Joe team moeten uitschakelen.
Tien jaar in de toekomst moet het elite korps dat bekend staat als G.I. Joe het opnemen tegen de kwaadaardige organisatie Cobra, onder leiding van de Schotse wapenhandelaar Destro. Het elite G.I. Joe team gaat met futuristische spionage en militaire apparatuur de strijd aan met de corrupte Destro en de steeds gevaarlijker wordende organisatie Cobra om de wereld te redden van totale chaos...
De Britten ontdekken dat iemand een geperfectioneerde manier heeft gevonden om duikboten onvindbaar te maken voor de radar en biedt deze technologie aan aan de hoogste bieder. Er breekt een internationale crisis uit als een duikboot met aan boord 16 atoomwapens verdwijnt tijdens een routinevaart.
The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.