Um acordo entre as grandes potências define a redução das ogivas nucleares no mundo todo, mas os Estados Unidos, comandados pela organização Cobra, desconsideram o acerto e dão ínicio a um plano de proporções alarmantes. Enquanto isso, seguindo as ordens do presidente americano (Jonathan Pryce), o esquadrão de elite G.I. Joe é acusado de traição e, após ser atacado brutalmente, tem vários de seus integrantes mortos em combate. Agora, os poucos que sobreviveram vão contar com a ajuda do criador dos G.I. Joe, Joe Colton (Bruce Willis), para, liderados por Roadblock (Dwayne Johnson), revidar o ataque em grande estilo.
Quando tudo parece falhar... Eles não falham! Eles são a equipe G.I. Joe, uma força de elite supersecreta com os melhores agentes de todo o mundo. Depois que uma arma secreta de alta tecnologia é roubada pela misteriosa e diabólica organização Cobra, os G. I. Joes correm contra o tempo para impedir Cobra de usar a arma e mergulhar o mundo no caos.
A Inglaterra descobre que alguém sabe como rastrear um submarino submerso e está oferecendo esta tecnologia para quem pagar mais alto. Uma crise internacional tem início quando um submarino com dezesseis mísseis nucleares desaparece, enquanto fazia uma patrulha. O agente secreto 007 (Roger Moore) é incumbido de investigar o caso e recuperar as ogivas antes que sejam disparadas e, para isto, recebe a ajuda de uma bela e sensual agente soviética (Barbara Bach).
The Cold War has just heated up! CIA Agent Bob Taylor (Charles Napier) arrives in Moscow with his new wife Susan (Kimberley Kates) with a highly secret video tape of Russian missiles leaving an unknown base near Moscow under the cover of darkness. Are these missiles destined to be aimed at the US or are they being smuggled to a terrorist organisation. The Americans need to know where these missiles are going, the only person who can help them discover their destination is Armstrong (Frank Zagarino) an ex buddy of Bob who now trains an elite Russian anti-terrorist squad under the command of Colonel Zukov (Richard Lynch). Zukov is from the old guard, corrupt, ruthless, and will stop at nothing to gain control.