IMF 최고의 베테랑 특수 요원으로서 항상 긴장감 속에 경계를 늦추지 않던 이단 헌트. 이제 현장에서 한 발 물러나 특수 요원 트레이닝에 전념하며 삶의 여유를 찾고, 사랑하는 여인 줄리아와 행복한 결혼을 꿈꾼다. 하지만 그녀와의 약혼식 날, 급작스런 본부의 호출을 받은 이단 헌트에게 악명 높은 국제 암거래상 오웬 데비언에게 인질로 잡혀있는 IMF 요원을 구출하라는 명령이 떨어진다. 약혼녀에게 차마 사실을 알리지 못한 채 작전에 임하는 이단 헌트는 요원을 구출하는 데에 극적으로 성공하지만 그녀는 결국 목숨을 잃고 마는데...

힐러(Hiller: 버나드 힐 분)는 큰 컴퓨터 회사에서 일하는 유능한 엔지니어로, 은행 본점에서 의뢰한 현금 유출의 안전 시스템을 기록하는 테이프의 설계를 맡게 된다. 한편 잘토(Salto: 리차드 홉 분)는 힐러가 술주정뱅이인 것을 알고 술과 돈으로 그를 매수하여 그 테이프의 기억 장치 정보를 빼내려한다.