A série conta a história de uma equipe de piratas/mercenários conhecida como Companhia Lagoon, que contrabandeia cargas nos mares do Sudeste da Ásia nos anos 1990. Sua base de operações está localizada na cidade fictícia de Roanapur, na Tailândia, e eles transportam as cargas no torpedeiro Black Laggon. Quando estão em terra firme, eles se movimentam e cuidam dos negócios no Plymouth Road Runner 1968 de Benny, embora no episódio 24 ele é visto dirigindo um Pontiac GTO 1965 depois que seu Roadrunner explodiu no episódio 17. A Companhia Lagoon faz negócios com vários clientes, mas tem uma relação particularmente amigável com o cartel crimonoso Russo Hotel Moscou. A equipe aceita várias missões - que podem envolver tiroteios violentos, combate "mano-a-mano", e batalhas náuticas - em várias localidades do Sudoeste da Ásia; quando não estão em missão, os membros da Companhia Lagoon gastam a maior parte do tempo no "The Yellow Flag", um bar em Roanapur que é frequentemente destruído em tiroteios.

Jonathan Pine é um ex-soldado britânico que seguiu a carreira como gerente noturno de um hotel de luxo. Seu caminho se cruza com o de Sophie, uma bela mulher de origem árabe e francesa, que por sua vez tem ligação com Richard Onslow Roper, um inglês que é especializado no mercado negro de armas. Ela fornece a Pine documentos criminosos, que ele entrega a um amigo na Inteligência Britânica. Quando Sophie aparece morta, Jonathan decide trabalhar disfarçado como parte de um plano contra Roper para se vingar da morte da mulher.