Okajima Rokuro é um típico homem de negócios japonês, que vive em sua rotina diária, até que ele é enviado por sua empresa ao sudeste asiático com um disco contendo informações ultra-secretas. Chegando lá, é sequestrado por piratas dentro de um navio chamado Black Lagoon. Ele pensou que a empresa pagaria a recompensa, mas, a empresa resolve mandar mercenários para recuperar o disco e "calar a boca" de Rokuro. Ele dificilmente escaparia com vida, mas agora não tem para onde ir. Ele resolve esquecer seu nome e seu passado e viver como um membro da Black Lagoon.

Jonathan Pine, um ex-soldado britânico que trabalha como gerente noturno em hotéis, é recrutado pelos Serviços Secretos para se infiltrar no círculo de confiança do perigoso traficante de armas Richard Onslow Roper.