The story follows a team of pirate mercenaries known as the Lagoon Company, that smuggles goods in and around the seas of Southeast Asia in the early to mid 1990s. Their base of operations is located in the fictional harbor city of Roanapur in southeast Thailand near the border of Cambodia.

Џонатан Пејн je британски војник који се борио у Ираку, а сада живи повучено, радећи као ноћни портир у хотелу. То се прекида када су му поверена компромитујућа документа, што се завршава смрћу особе која му их је показала. На почетку потрага за искупљењем, у међувремену постаје потрага за његовом властитом душом, јер улазак у царство Ричарда Рупера, у потпуности мења његов свет.