講述岡島綠郎，本來是一位普通的日本公司職員，在一次運送公司違法資料的途中被綁票，期間向公司求助時被公司拋棄後在一個名為Black Lagoon商會的傭兵船隊裡做見習水手的故事。

間諜活動頻繁的後冷戰時代，無情的軍火商和毒品走私販掌握著以想像權利和財富，而他們的幕後操控者這是一個誰也接觸不到名叫roper的英國人。一名叫做派恩的前英國士兵冒險潛入這個組織為朋友復仇，但這僅只是派恩接近roper的原因之一。