Año 2199, la Tierra fue bombardeada por el planeta Gamilus y contaminada por la radiactividad de sus ataques con asteroides, la faz de la tierra se ha borrado, los océanos se han evaporado y la radiación ha llegado hasta gran parte del subsuelo. 2 cadetes: Kodai Susumu y Shima Daisuke descubren una bella mujer que yace muerta y que tiene en su poder una cápsula con un mensaje de la hermana de aquella chica, quien se identifica como Starsha, reina del planeta Iscandar. Ella ofrece su ayuda a los terrestres enviándoles un plano para la construcción de un motor que les permitirá viajar más rápido que la luz y así poder alcanzar, en menos de 1 año, el sistema Sunzar donde está el planeta Iscandar.
La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso.