The year is 2199. The human race has been crushed in their war with the Gamilos, driven into underground cities by the invader's assault. Scientists estimate they have only a year left. The young officers Susumu Kodai and Daisuke Shima receive a mysterious capsule from a ship that made an emergency landing on Mars and return with it to Earth. It contains humanity's last hope: the planet Iscandar on the other side of the Magellan Galaxy has the technology to defeat the Gamilos and restore the planet. The space battleship Yamato is entrusted with this task, but they have only one year before humanity ends.

בעולם בדיוני, יפן נכבשה על ידי מין חייזרים בשם אמאנטו. עידן הסמוראים נפל, והעולם הפך להיות טכנולוגי, מושחת ובעיקר מוזר. אותם סמוראים נמצאים תחת איסור שימוש בחרבות, ותחת השפלה ובושה. הסיפור עוקב אחרי סאקאטה גינטוקי, סמוראי לשעבר עם עבר מסתורי ואפל. גינטוקי וחבריו (או יותר נכון לומר- עובדיו) שימורה שינפאצ'י וקאגורה עובדים בעבודות מוזרות ומשונות ברחבי יפן כדי להשיג את הכסף אליו הם כל כך משתוקקים. תהיו בטוחים שהם יכנסו להמון צרות ושטויות, והרוב יהיה באשמתם...