Haruo und seine Kumpanen nehmen auf der Erde Kontakt mit dem eingeborenen Houtua-Stamm auf. Um Godzilla zu besiegen, suchen sie die alte Mechagodzilla-Anlage.
Die Höhle des Königs Shisa wird freigelegt. In ihr befindet sich eine Statue und eine alte Prophezeiung. Die Weissagung erzählt davon das riesige Monster über die Menschheit kommen werden. Riesige Monster die Japan zerstören wollen? Wie absurd! Godzilla hat anscheinend auch davon gehört und er versucht deshalb das Industriegebiet bei Nacht zu zerstören. Dabei war Godzilla doch in der letzten Zeit so lieb und brav. Hat mit Hummern Volleyball gespielt, die Welt gerettet und sich rührend um den Nachwuchs gekümmert. Warum also ist er wieder böse geworden? Als der tollwütige Godzilla auch noch seinen alten Kumpel Anguirus angreift wird es allen klar. Die wütende Bestie ist gar nicht Godzilla sondern ein von Aliens nach den Maßen von Godzilla gebauter Roboter. Mit dieser Maschine soll nicht nur Godzilla besiegt, sondern auch die Menschheit versklavt werden. Professor Miyajima und andere Menschen wollen Godzilla helfen und erwecken König Shisa. Kommen sie gemeinsam gegen Mechagodzilla an?
Nachdem Mechagodzilla in seinem letzten Kampf gegen Godzilla schwer beschädigt wurde, wird er nun in einem Untergrund-Dock aus Godzillaknochen wiederhergestellt. Yoshito Nakajo, Mitglied der Reparaturtruppe bekommt während seines Urlaubs unerwarteten Besuch von ein paar Feen der Infant Islands. Sie raten ihm eindringlich ab einen Roboter aus Godzillaknochen zu bauen, andernfalls würde Mothra die Seiten wechseln und gegen die Menschheit kämpfen. Die Reparatur wird trotzdem fortgesetzt und schon bald mehren sich seltsame Ereignisse. Es dauert nicht lange und schon wütet Godzilla wieder in den Städten Japans. Bald eilt auch schon Mothra zu Hilfe aber dann entscheidet der Premierminister den noch nicht ganz reparierten Mechagodzilla am Kampf teilnehmen zu lassen. Der Kampf unter den drei Monstern beginnt als plötzlich neue Riesenungeheuer hinzukommen. Und keiner weiß ob sie Freunde oder Feinde der Menschheit sind!