ゴジラから地球を取り戻す戦いに挑むハルオと仲間たち。人類の生き残りフツアの民の助けを得て、かつて対ゴジラ兵器"メカゴジラ"を開発していた研究所へ向かう。

ゴジラシリーズ第14作。富士山麓でアンギラスを倒し、京浜石油コンビナート地帯にて破壊の限りを尽くすゴジラ。そこにもう一匹のゴジラが現れる。先に現れたゴジラは、地球侵略を目論むブラックホール第三惑星人が作り上げたメカゴジラだった。一方、沖縄でもキングシーサーが覚醒し、メカゴジラを倒すため、ゴジラと共に沖縄決戦に臨む！

ゴジラシリーズ第27作。「ミレニアムシリーズ」第5作で、同シリーズ唯一の前作からの続編。ゴジラと機龍機龍＝メカゴジラの死闘から１年。機龍の整備士・中條義人とその叔父・中條信一の元にインファント島の小美人が現れる。彼女らはゴジラの骨から造られた機龍の存在を否定。このままでは、命をもてあそぶ人類に対してモスラが脅威となる可能性を警告する。そこにゴジラが出現。特生自衛隊はゴジラを品川へと誘導し機龍を出動させ、迎撃を試みるが・・・。