Много лет назад люди были изгнаны с родной планеты ордами ужасных чудовищ и бежали, спасая остатки человечества, на космических кораблях в надежде найти новый дом. А когда надежда окончательно растаяла, и немногие выжившие решили вернуться и сражаться за Землю, они потерпели сокрушительное поражение от нынешнего правителя планеты — Годзиллы. Но вскоре выяснится, что выжили не только сбежавшие в космос. Некоторые люди приспособились к новым условиям и даже создали нетехногенную цивилизацию. Двум группам таких разных теперь людей придется объединить усилия, чтобы противостоять общему врагу.

Желая завоевать планету, инопланетный разум создаёт и посылает на землю механического двойника Годзиллы. Чтобы помочь «земному» Годзилле одолеть монстра, люди призывают другое легендарное существо — Короля Сизера.

Прошел год после битвы Годзиллы с Механической Годзиллой. И вот новое предупреждение: японцы должны вернуть океану все, что они сохранили от первого нашествия Годзиллы. И кости, и органические ткани, — абсолютно все, вплоть до молекул ДНК, необходимо отправить в бездну вод, чтобы получить шанс на спокойную жизнь. Предупреждение это исходит от другого легендарного монстра — от Мотры, которая всегда была лютым врагом Годзиллы. И Годзилла не заставляет себя долго ждать: чудовище выходит из моря, чтобы сразиться с Мотрой и с Меха-Годзиллой…