Toma Kamijo è uno studente della Città-Studio, dove le persone usano la scienza per sviluppare abilità soprannaturali. Il ragazzo ha molto cuore, fortunatamente per una giovane suora di nome Index. È in fuga da una società di maghi che brama i 103.000 volumi di conoscenza magica, che compongono l'Indice dei Libri Proibiti e sono immagazzinati nella sua memoria. Quando Index si imbatte nella vita di Kamijo, trova un fedele amico e protettore, e nonostante Kamijo sia il ragazzo più debole della Città-Studio, possiede una capacità sorprendente: l'Imagine Breaker, un potere inspiegabile immagazzinato nella sua mano destra capace di negare i poteri sovrannaturali di altri. Con scienziati e maghi che attaccano da tutte le parti, l'Imagine Breaker risulta essere un'arma molto utile, ma è la lealtà di Kamijo nei confronti di Index a rappresentare lo strumento più utile nella lotta per tenerla al sicuro.

Le abilità di elettro-manipolazione di Misaka - e la mossa del proiettile Railgun deliziosamente distruttiva - la rendono una rock star ad Academy City. La tecno-metropoli è piena di studenti con poteri soprannaturali noti come espers, tra cui Kuroko, l'amica civettuola e coinquilina di Misaka. Usa le sue capacità di teletrasporto come membro del team delle forze dell'ordine di Judgment, combattendo il crimine insieme al suo collega agente Uiharu. Insieme al loro amico Saten, un coraggioso esper di livello 0, Misaka, Kuroko e Uiharu si divertono tantissimo ad affrontare il pericolo ogni volta e ovunque si presenti.