故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中,“超能力开发”被列为学校课程的一部分(学生作为人体科学实验对象)。在二百三十万人口中,有八成都是学生,所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同,可以分为7级,从无能力(level 0)到超能力(level 5)(level 6为绝对能力者)。故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者,但并非完全没有能力,他的能力是能够将一切异能之力无效化。他只有右手能够使用这种能力,还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为幻想杀手(Imagine-breaker)。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故,导致自己一直过著不幸的生活。某一个暑假的日子,在家里的阳台上,他遇见了一位修女;这位少女自称自己的名字叫“茵蒂克丝”(Index),并是从魔法的世界逃了出来,现在正在被魔法师追赶中。就这样,上条当麻一脚踏进了奇妙而美丽又黑暗的世界,开始了上条当麻与御坂美琴的战斗……掌握了十万三千本究极魔法书(魔导书)的少女与拥有抹杀一切奇迹的神上之手的少年,将面临一系列故事……
故事发生在面积占据东京都西部的三分之一,居住着 230 万名人口,其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离,研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发,并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力,以范围和威力分为无能力者(Level 0)、低能力者(Level 1)、异能力者(Level 2)、强能力者(Level 3)、大能力者(Level 4)和超能力者(Level 5)。主角御坂美琴是学园都市中仅七位超能力者(Level 5)的其中一人,排行第三。她是拥有操纵电击能力的“电击使”,因其特有的绝招(将硬币以 3 倍音速的初速发射)“超电磁炮”而得名。