Nel 1999 un'astronave aliena si schianta su un'isola della Terra. Temendo un'invasione aliena, l'astronave viene ricostruita per renderla ammiraglia di una flotta basata sulla nuova tecnologia acquisita. 10 anni dopo, nel giorno dell'inaugurazione della nuova astronave, ribattezzata Super Dimensional Fortress 1 Macross, un meccanismo di autodifesa della nave si attiva inaspettatamente, sparando una cannonata interplanetaria che distrugge alcune navi aliene in orbita intorno alla terra e attirando quindi l'attenzione degli Zentradi, un popolo dedito alla guerra. La flotta aliena attacca quindi la terra. Per allontanare il pericolo dal pianeta, Macross caricherà a bordo gli occupanti dell'isola (diventando quindi una città volante) e farà una piega spazio-temporale (un wormhole); l'astronave uscirà dalla piega per sbaglio nei pressi di Plutone ritrovandosi sola contro una gigantesca flotta di nemici.

Le vicende di Delta si collocano nell'anno 2067, otto anni dopo le vicende di Macross Frontier, su un pianeta ai confini della galassia sotto la minaccia di una non meglio identificata "Sindrome di Var" avente qualche legame con "l'eredità della Protocultura" (l'antica civiltà scomparsa, che nell'universo di Macross abitava la Galassia ai suoi albori). Qui avviene l'incontro tra Freyja Wion, una ragazza del pianeta Windermerian fuggita di casa sperando di poter unirsi al gruppo delle Walküre, dive che cercano di contrastare la Sindrome di Var attraverso le loro canzoni, e Hayate Immelmann, un ragazzo libero come il vento che viaggia di pianeta in pianeta...

Un ventenne tenta di vincere un jet da combattimento in un concorso della Pepsi, dando il via a una battaglia giudiziaria decisamente impari che passerà alla storia.

Follow a group of officers on the Advanced Flight Training Program as they look to become elite strike fighter pilots.