Sergeant Keroro and his four subordinates came from the planet Keron to the Earth to conquer. However, without notice, they began to enjoy the life on the Earth. Keroro was supposed to stay with Hitana to get the chance to conquer the Earth, but he became friend with Hinata's son, Fuyuki. Today, as usual, Keroro goes to buy his favorite Gundam plastic model with Fuyuki. On their way home, they find a small shrine, and enter. There, they find a vase, and happens to break it. Since the next day, strange things happen all over the town and people are in panic. Inside the vase, Kiruru, Keron's ancient ultimate weapon was sealed. At the moment, Mirara who holds the secret of the Kiruru appears and informs them of the only method to save the Earth. However...

今日もガンプラを買いに出かけた帰り道に不思議な祠を見つけたケロロと冬樹。その中にあった壷をケロロは割ってしまう。 翌日から街に起こり始める様々な異変。それはケロロが壷を割ったため、ケロン星の古代最終兵器・キルルの封印が解けたせいらしい。ケロロたちの前に現れたミララは、キルルについて教えるが…。

某日，感情融洽的冬樹與 Keroro 一起外出購買鋼普拉。不料在回家的路上，誤闖一間神秘小廟。冬樹對這個古文明遺址感到興奮不已的同時，Keroro 卻不小心打破了一個壺狀物體。頓時萌生不祥預感的兩人，匆促慌張地掉頭跑回家。不久，Keroro 和冬樹臉上浮現「╳」印記。隨著時間流逝，週遭的人們也開始在臉上浮現「╳」印記。這些有印記的人，彷彿擁有念力，能夠隨心所欲地讓其他人也浮現「╳」印記。這項不可思議卻很方便的能力深受人類喜愛，轉眼間就擴散開來。 這時候，現身的外星人 Mirara 表示，「╳」印記是一個名為 Kiruru 的古代武器，它會吸收人類的負面能量，毀滅地球。但是由於「╳」印記並未帶來不好的影響，冬樹和 Keroro 小隊並未將這句話放在心上。稍後，Kiruru 開始巨大化，「╳」座標印記(也開始散播負面能量。人類對此感到恐慌，進而不相信身邊任何人。於是 Keroro 打算利用這股念力，展開侵略地球大作戰。 吸收人類負面能量的 Kiruru，體型逐漸變得巨大，並且開始破壞街道。對這一切感到無力的人類，只能眼睜睜的看著一切被破壞殆盡。這樣下去，人類是否會滅亡呢？

KERORO军曹寄住在日向家，竟因沉迷高达模型而惨变家务工人，更意外释放了一个来自“K隆星”远古时代的神秘武器KIRURU，令到全球大乱，面临毁灭危机！这时候，唯一知道如何拯救地球的谜样外星人突然现身，联同KERORO部队调转枪头、发动一场笑震宇宙的太空战争！

우주에서 지구를 침략하러 온 케론별의 케로로 중사와 4명의 부하는 어느새 지구에서의 생활을 즐기고 있다. ‘우주’네 집에 얹혀살면서 몰래 침략의 기회를 엿보고 있어야 할 케로로는 장남인 ‘우주’와 사이가 좋아져서 오늘도 둘이 함께 너무나 좋아하는 건담 프라모델을 사러 나갔다가 돌아오는 길에 발견한 신비한 사당을 발견한다. 그리고 사당 안에 들어간 두 사람은 그곳에 놓여있던 단지를 깨고 만다.

Dando un paseo de vuelta a casa, Keroro y Fuyuki tropiezan con un santuario oculto. Explorándolo, terminan rompiendo sin querer un orbe brillante. Esa noche, Keroro encuentra una enorme X sobre su cara, que le causa considerables problemas. A la mañana siguiente, las noticias cuentan que el fenómeno de la X se ha extendido a más personas ademas de a Keroro, dando a la gente de Tokio capacidades telepáticas, incluyendo la Casa Hinata y al Pelotón Keroro. Los pekopenses piensan que esto puede ser un gran regalo, pero la señal en realidad puede ser parte de una invasión de pekopon más vieja que el tiempo mismo. Primera película basada en el manga/anime Sargento Keroro.